El Alto Tribunal afirma que la Audiencia dejó constancia en la sentencia de la "muy fundada y sólida sospecha" de que una vez los acusados fueron detenidos y trasladados a dependencias policiales en Madrid, encerrados e incomunicados, hubieran sido objeto de maltrato físico y psicológico con la finalidad de que hicieran sus declaraciones ante el juez instructor en determinado sentido.
Añade que, aunque la Audiencia acordó no deducir testimonio por los presuntos malos tratos por haber sido ya denunciados, el Alto Tribunal tiene que poner este hecho en conocimiento de la Fiscalía por si se hubiera cometido una conducta ilícita y penalmente reprochable contra los acusados y testigos que no denunciaron.
En un voto particular formulado el magistrado Carlos Granados, al que se adhieren Julián Sánchez Melgar, Francisco Monterde y Siro García, se indica que en la resolución de la Audiencia Nacional no se reconoce la existencia de torturas sufridas por los acusados y testigos en dependencias policiales "como parece dar por sentado la sentencia de la mayoría", sino que recoge las manifestaciones de los imputados de que habían sido objeto de malos tratos.