En opinión de la asociación, el Ministerio de Justicia ha decidido unilateralmente no pagar las guardias semanales que hacen los jueces cuando no sean por semanas completas, lo que puede ocurrir por bajas por enfermedad o licencias concedidas conforme a la Ley Orgánica 6/1985, de 1 de julio, del Poder Judicial.
El Ministerio de Justicia justifica su decisión en que la Orden de 3 de junio de 2003 sólo permite retribuir las guardias, si se prestan durante toda la semana.
Por su parte, la Asociación Profesional de la Magistratura dice que el Ministerio de Justicia se ha comprometido a pagar todos los días de guardia. Así, José Manuel Suárez Robledano, ha manifestado que se ha conseguido que se proceda al pago íntegro de las guardias semanales aunque se hayan desempeñado por periodos inferiores a una semana.
Ante esto, Edmundo Rodríguez, miembro del Secretariado de Jueces para la Democracia ha manifestado que desconocía esta nueva situación. Sin embargo, manifestó que de no recibir comunicación por parte del Ministerio de Justicia sobre este punto seguirán recomendando a los afectados que reclamen la indemnización por guardias realizadas.