El Tribunal destaca en su informe diferencias entre las dotaciones de personal funcionario y laboral de los órganos judiciales y el número real de efectivos, que se caracteriza por un escaso grado de ocupación del personal fijo y un alto número de personal interino, sustituto o eventual.
Del mismo modo, aprecia debilidades en el procedimiento de elaboración y justificación de las nóminas de personal, así como falta de contabilización de las retribuciones en especie en la mayoría de las Gerencias Territoriales y de retención del Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas a los profesores de cursos.
Respecto de los gastos corrientes e inversiones, el Tribunal de Cuentas denuncia la inexistencia de controles, instrucciones y procesos normalizados para la tramitación de las peticiones de los órganos judiciales y para la utilización del sistema de contratación más adecuado.
El Tribunal de Cuentas ha encontrado también incorrecciones de control en las tres líneas de subvenciones examinadas en el informe.