El rector de la Universidad Carlos III, Gregorio Peces-Barba, considera que la Ley Orgánica de Universidades ha sido elaborada y aprobada de espaldas a la Universidad y que no resuelve los problemas que tiene la Universidad actual.
A pesar de esto, la Universidad Carlos III de Madrid ha acatado el mandato legislativo que la nueva Ley de Universidades conlleva convirtiéndose así en la primera Universidad española en adecuar su funcionamiento y organización a la Ley Orgánica de Universidades.
Por otro lado, las Universidades de Salamanca, Málaga y la Rey Juan Carlos de Madrid esperan el informe de sus respectivas Administraciones educativas sobre sus Estatutos.
