Entre las modificaciones incluidas en su informe el Consejo General del Poder Judicial señala que debería ser la Sala Penal de la Audiencia Nacional la encargada de decidir si procede la entrega al Tribunal Internacional de un reclamado que se encuentre en nuestro país cuando no medie su consentimiento. El Anteproyecto atribuye en principio esta competencia a los Jueces Centrales de Instrucción.
En el caso de solicitudes concurrentes para la entrega de un detenido por parte de la Corte internacional y un estado determinado, el Consejo General del Poder Judicial recomienda que se aclare si esta Ley de cooperación prevalecerá sobre la futura Ley reguladora de la orden europea de detención, que encomienda la decisión de entrega a los Gobiernos.
Asimismo, recomienda el Consejo que la Ley de cooperación con la Corte Penal Internacional incluya la necesidad de conocer la opinión de un Juez que investiga sobre un asunto concreto antes de que el Gobierno decida si debe inhibirse o no en favor del Tribunal Internacional.
Recomienda también el Corte Penal Internacional que se añada a la Ley un artículo que establezca la competencia del Juez Central de Vigilancia Penitenciaria, de próxima creación.