Mediante tres Decisiones de 1999, la Comisión, con arreglo al Tratado, incoó el procedimiento de investigación formal de determinados beneficios concedidos por los Territorios Históricos de Guipúzcoa, Álava y Vizcaya. La Comisión calificó provisionalmente dichas medidas fiscales como ayudas de Estado incompatibles con las disposiciones comunitarias.
Los recursos se refieren a estas decisiones de la Comisión de abrir una investigación sobre esas medidas, que incluían un crédito fiscal y reducciones de la base imponible para empresas de nueva creación.
El Tribunal de Primera Instancia subraya que el órgano jurisdiccional comunitario debe evitar pronunciarse con carácter definitivo sobre cuestiones que son objeto de apreciación provisional por parte de la Comisión. En este caso, su control se limita a examinar si la Comisión incurrió en errores manifiestos de apreciación.
El Tribunal recordó, sin embargo, que posteriormente, en el 2001, la Comisión llegó a su conclusión definitiva de que los beneficios fiscales concedidos por los "territorios históricos" vascos son ayudas de Estado, y que esas decisiones son actualmente objeto de recursos ante el mismo Tribunal.
Los Jueces comunitarios recordaron que la Comisión había calificado estas medidas fiscales de selectivas, y por tanto posibles ayudas de Estado ilegales, pero no porque se aplicaran sólo a una parte del territorio español, sino por favorecer a determinadas empresas o producciones.
En consecuencia, la Comisión pudo razonablemente considerar que las medidas controvertidas conceden una ventaja considerable a los destinatarios y benefician a empresas que participan en los intercambios entre Estados miembros.
