La Comisión recuerda que la Sexta Directiva de Impuesto sobre el Valor Añadido permite a los Estados miembros “incluir las subvenciones en el denominador de la prorrata aplicable a los contribuyentes, que realizan al mismo tiempo actividades que dan derecho a una deducción y actividades exentas”.
Bruselas señala que España ha hecho uso de esta facultad, pero aplica una prorrata a los contribuyentes, incluso cuando estos sólo realizan operaciones gravadas, por el simple hecho de recibir subvenciones.
Por otra parte, advierte que la legislación española establece una limitación del derecho de deducción cuando se adquieren bienes mediante una subvención en capital y la Comisión entiende que estas normas atentan contra el derecho fundamental de deducción consagrado por la Sexta Directiva Impuesto sobre el Valor Añadido.
Además, la Comisión señala que los Estados miembros deben crear junto a los depósitos aduaneros depósitos fiscales, tal como establece el artículo 16 de la Sexta Directiva de Impuesto sobre el Valor Añadido.
España, con el fin de controlar la salida de los bienes situados en estos depósitos, ha previsto que la salida de los bienes deducidos de los depósitos fiscales implican la obligación de cumplimentar un formulario específico y de pagar el Impuesto sobre el Valor Añadido.
